Majelis Wali Amanat adalah organ universitas yang berfungsi untuk mewakili kepentingan pemerintah dan kepentingan masyarakat. Beranggotakan 20 orang yang mewakili unsur-unsur :
a. Menteri
b. Senat Akademik
c. Masyarakat
d. Rektor
Bardasarkan Anggaran Dasar (PP.No.6 tahun 2004 pasal 14 ayat 1), Majelis ini bertugas untuk :
a.Menetapkan kebijakan umum universitas dalam bidang non akademik.
b.Mengangkat dan memberhentikan pimpinan universitas.
c.Mengesahkan Rencana Strategis serta Rencana Kerja dan Anggaran Tahunan.
d.Melaksanakan pengawasan dan pengendalian umum atas pengelolaan universitas.
e.Melakukan penilaian atas kinerja pimpinan universitas.
f.Bersama pimpinan universitas menyusun dan menyampaikan laporan tahunan kepada Menteri.
g.Memberikan masukan dan pendapat kepada Menteri tentang pengelolaan universitas.