SIJOGJA menyelenggarakan program S1, S2 dan S3. Program S1 membuka berbagai cabang studi seni yang terbagi dalam fakultas: yakni Fakultas Seni Rupa, Fakultas Seni Pertunjukan dan Fakultas Seni Media Rekam. Keseluruhannya terdiri dari 11 jurusan, 12 program studi. Program S2 dan S3 membuka bidang studi Pengkajian dan Penciptaan Seni.