Marzan menjadi Kepala BPPT sejak 2008, menggantikan pemimpin terdahulu Prof. Dr. Said Djauharsjah Jenie yang meninggal dunia karena sakit. Sebelumnya, dia pernah menjabat sebagai Kepala Biro Perencanaan (2000-2002), Sekretaris Utama (2002-2005) dan terakhir sebagai Deputi Kepala BPPT bidang Teknologi Informasi, Energi dan Material (2005-2008).