Sepak terjang perempuan Aceh di kancah peperangan juga menoreh sejarah istimewa. Laksamana Malahayati, selain berstatus sebagai seorang isteri dan ibu rumah tangga, beliau adalah seorang Laksamana yang membantu Sultan dalam pertempuran laut di Teluk Aru melawan armada Portugal dan menjabat sebagai Komandan Protokol Istana Darud Dunia. Laksamana Malahayati pernah mengecap pendidikan militer di Pusat Pendidikan Asykar Baital Makdis dengan guru para perwira dari Turki. Oleh karena kematian suaminya dalam pertempuran di Teluk Aru, beliau memohon izin kepada Sultan untuk membentuk armada baru dengan merekrut semua janda korban pertempuran itu, dan lahirlah sebuah armada yang dikenal dengan nama Armada Inong Balee yang berpangkalan di Teluk Krueng Raya.