Secara umum, ada perbedaan yang cukup signifikan antara KBLI 2009 dengan KBLI 2005, dimana KBLI 2009 terdiri dari 21 kategori, sedangkan pada KBLI 2005 terdiri dari 18 kategori. Perubahan struktur berupa pergeseran pengelompokan suatu kegiatan dari satu klasifikasi ke klasifikasi lainnya, dan penambahan klasifikasi baru yang disebabkan adanya perkembangan kegiatan ekonomi yang memungkinkan untuk membentuk kategori yang berdiri sendiri atau digabungkan dengan kategori lain yang lebih sesuai. Perbedaan struktur kategori antara KBLI 2009 dengan KBLI 2005 disajikan pada Tabel 3.