Pengendalian pencemaran dan kerusakan lingkungan adalah upaya untuk mempertahankan fungsi lingkungan dengan cara-cara yang tidak memberi peluang berlangsungnya pencemaran dan/atau kerusakan lingkungan hidup. Secara garis besar ada beberapa permasalahan terkait kapasitas Pengendalian Pencemaran dan Kerusakan Lingkungan, antara lain minimnya inovasi teknis dan kelembagaan, kualitas SDM dan sarana prasarana.