Beberapa masalah yang ditemukan pada pelayanan BRT di Jakarta. Diantaranya yang dikeluhkan masyarakat adalah:
Kepedulian pemerintah daerah/UPT Transjakarta terhadap peningkatan kualitas pelayanan yang masih sangat rendah,
Kedatangan bus transjakarta tidak bisa diprediksi yang pada gilirannya menyulitkan untuk merencanakan waktu yang diperlukan untuk melakukan perjalanan dari satu tempat ke tempat lain,
Jalur busway belum sepenuhnya steril, sehingga mengurangi kecepatan perjalanan bus serta mengganggu pemenuhan headway/jadwal perjalanan,
Waktu menunggu di saat jam sibuk sangat lama, terutama di shelter antara pada koridor yang padat, karena sebelum bisa berpeluang untuk naik keatas bus masih harus menunggu peluang masuk ke dalam bus karena bus yang melalui shelter hanya bisa mengangkat 2 atau 3 penumpang saja yang akhirnya meninggalkan antrian penumpang yang cukup banyak,
Penumpang bertumpuk di dekat pintu masuk ke dalam bus yang menyulitkan penumpang masuk atau keluar dari pintu,
Pelayanan bus pengumpan yang buruk dan kurang terintegrasi dengan baik,
Waktu tundaan (delay) yang lama terjadi pada persimpangan sebidang yang pada gilirannya mengurangi kecepatan perjalanan rata-rata bus.
Jumlah penumpang BRT belum maksimal karena hingga kini belum ada standar pelayanan minimal (SPM) yang diterapkan. BRT yang diharapkan masyarakat adalah BRT yang mempunyai fungsi sebagaimana pelayanan angkutan umum.Sistem BRT yang memiliki karakteristik berjalan pada jalurnya sendiri, berjadual (jarak antarbus diatur), hanya berhenti pada stasiun atau halte khusus, pembayaran dengan menggunakan karcis, dan mempunyai kapasitas yang besar.