Satuan Audit Internal (SAI) mempunyai tugas melaksanakan audit dalam bidang manajemen keuangan, akademik, dan sumber daya. Secara intern kelembagaan SAI diangkat dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor. Dalam menjalankan kebijakannya SAI mengacu kepada kebijakan audit yang ditetapkan oleh Dewan Audit. Hasil audit yang dilakukan disampaikan kepada Rektor dan Dewan Audit.
Berdasarkan SK Rektor No.5671/H40/KP/2008 tanggal 6 Oktober 2008 Susunan Pengurus dan anggota Satuan Audit Internal adalah sbb: