Pengembangan kinerja pengelolaan limbah dan persampahan bertujuan meminimalisir dampak masalah sampah dan pencemaran air. Secara umum Program ini dilakukan oleh BLH dan Dinas Pasar dan Kebersihan melaui peningkatan kapasitas pengelolaan limbah. Secara rinci kegiatan-kegiatan dalam program ini adalah sebagai berikut: