Sedangkan tujuan pelaksanaan audit intern adalah membantu para anggota organisasi agar mereka dapat melaksanakan tanggung jawabnya secara efektif. Untuk hal tersebut, auditor intern akan memberikan berbagai analisis, penilaian, rekomendasi, petunjuk dan informasi sehubungan dengan kegiatan yang diperiksa. Tujuan pemeriksaan mencakup pula usaha mengembangkan pengendalian yang efektif dengan biaya yang wajar. Tujuan utama pengendalian intern menurut Hiro Tugiman (2006:44) adalah: “Meyakinkan keandalan (reliabilitas dan integritas) informasi; kesesuaian dengan berbagai kebijaksanaan, rencana, prosedur, dan ketentuan perundang-undangan; perlindungan terhadap harta organisasi; penggunaan sumber daya yang ekonomis dan efisien, serta tercapainya berbagai tujuan dan sasaran yang telah ditetapkan” Ruang lingkup audit intern yaitu menilai keefektifan sistem pengendalian intern, pengevaluasian terhadap kelengkapan dan keefektifan sistem pengendalian internal yang dimiliki organisasi, serta kualitas pelaksanaan tanggung jawab yang diberikan. Dalam melaksanakan kegiatan pemantauannya, Satuan Pengawas Intern akan melakukan kegiatan-kegiatan utama pemeriksaan yang terbagi dalam enam kegiatan, yaitu:
1. Complience test, yaitu pemeriksaan tentang sejauh mana kebijakan, rencana, dan prosedur-prosedur telah dilaksanakan, meliputi :
a. Ketaatan terhadap prosedur akuntansi
b. Ketaatan terhadap prosedur operasional
c. Ketaatan terhadap peraturan pemerintah
Menurut Robert Tampubolon dalam bukunya “ Risk and system-Based Internal Auditing” (2005 : 1) bahwa : “fungsi audit intern lebih berfungsi sebagai mata dan telingga manajemen, karena manajemen butuh kepastian bahwa semua kebijakan yang telah ditetapkan tidak akan dilaksanakan secara menyimpang”.